Lantaran populasinya semakin menurun, IUCN Redlist memasukkan Owa Jawa dalam status konservasi “Endangered” (EN; Terancam Punah) dan tidak boleh diperjualbelikan.
Penyebab utama semakin langkanya Owa Jawa adalah berkurangnya habitat akibat kerusakan hutan (deforestasi) dan konversi lahan pertanian. Padahal Owa Jawa termasuk satwa yang sangat ‘mencintai’ teritorialnya dimana meskipun wilayahnya (teritorial) mulai habis primata yang nyaris punah ini tetap bergeming dan tidak mau berpindah. Hal ini berpotensi membuat Owa Jawa mati kelaparan.
Perburuan liar juga menjadi penyebab semakin langkanya Owa Jawa. Seringkali perburuan dilakukan dengan cara menembak mati induk Owa Jawa untuk mengambil anaknya.