Punahnya Elang Bondol secara perlahan merisaukan banyak pihak. Apalagi pada tahun 2004, nyaris terjadi penyelundupan delapan ekor Elang Bondol di Bandara Soekarno – Hatta, namun berhasil digagalkan. Akhirnya, Pusat Penyelamatan Satwa Tegal Alur (PPSTA) Jakarta menginisiasi program untuk menyelamatkan dan merehabilitasi hewan tersebut di Taman Nasional Kepulauan Seribu, bekerja sama dengan Balai Taman Nasional Kepulauan Seribu (BTNKpS). Seiring perjalanan waktu, upaya penyelamatan tersebut dikelola oleh Jakarta Animal Aid Network (JAAN) yang diketuai Bevinka Iben.
Sebagai lokasi konservasi, Pulau Kotok di Kepulauan Seribu pun dipilih karena pulau ini memiliki pusat konservasi Elang laut. Kondisi Pulau Kotok dinilai cocok dengan karakteristik Elang Bondol yang merupakan salah satu jenis Elang Laut. Pulau ini merupakan satu-satunya konservasi Elang Laut di Indonesia.
Biasanya, elang yang direhabilitasi di Pulau Kotok merupakan hasil sitaan maupun hasil dari penyerahan masyarakat yang sadar ancaman kepunahan yang mengintai hewan ini.